.gitignore只能忽略那些原来没有被track的文件，如果某些文件已经被纳入了版本管理中，则修改.gitignore是无效的。

正确的做法是在每个clone下来的仓库中手动设置不要检查特定文件的更改情况。

这里假设要忽略已被纳入版本管理中的 /home/www/phpernote/config.php 文件，则执行命令：

git update-index --assume-unchanged /home/www/phpernote/config.php

然后在.gitignore文件里添加要忽略的文件或文件夹就行了。

以上操作完全可以用如下命令行完成：

$ git rm -r --cached dir
$ echo '/home/www/phpernote/config.php' >> .gitignore
$ git add .gitignore
$ git commit -am '添加忽略文件'

忽略目录操作一样。